消化系统症状往往是全身淀粉样变病理的核心症状。原发性淀粉样变病最为明显。不同的病变部位可以表现出不同的临床症状。
1.恶心、呕吐、食欲不振 上消化道黏膜肌层和固有肌层淀粉样纤维沉积，导致消化道运动功能障碍。食道下咽困难，胃引起内容停滞、恶心、呕吐、食欲不振等症状。
2.便秘、腹泻 下消化道淀粉样纤维沉积导致便秘或腹泻。使用泻药后，顽固性便秘会变成严重腹泻，然后变成便秘和腹泻交替。严重腹泻时，可能会出现大便失禁，也可能会抱怨腹痛。长期持续的腹泻应怀疑淀粉样病。
3.吸收不良 吸收不良的发生率为4.0％～5.8％，小肠淀粉样纤维沉积导致粘膜上皮萎缩、糜烂、血管紊乱，少数病例可出现吸收不良综合征，表现为脂肪腹泻、巨幼红细胞贫血或蛋白质泄漏性肠病。
4.出血、梗死、穿孔 淀粉样蛋白向毛细血管沉积可因血管障碍引起缺血、糜烂，乃至溃疡，消化管的任何部位都可能发生溃疡，溃疡出血可出现呕血、便血。亦有引起乙状结肠的梗死和回肠的穿孔的病例报告。
5.肠梗阻 胃肠道平滑肌中沉积大量淀粉样蛋白，然后自主神经障碍引起运动功能障碍。6％～8％。所谓淀粉样瘤(amyloid tumor)，胃窦幽门和远侧结肠易发生，可引起消化道梗阻症状，如同部位恶性肿瘤。无器质性狭窄的患者有时可能出现急性肠梗阻症状。Iegge这种状态被称为假性肠梗阻。淀粉样瘤常见于原发性和伴有骨髓瘤性淀粉样病，腹部有大量气体图像。
6. 巨舌是淀粉样变病的其他特征性局部体征，见于20％患者常伴有颌下腺、舌下腺等唾液腺肿大。患者口感失灵，唾液分泌减少，口腔黏膜干燥，牙龈和口腔黏膜易出血，可形成舌、颊黏膜小血肿，后两种常见于原发性淀粉样病变。咽部肌肉运动障碍（淀粉样纤维渗透引起的下脑神经麻痹和局部淀粉样纤维沉积）和严重的食管病变往往抱怨吞咽困难，但未见FAP病人中。
对于巨舌和各种消化系统症状的人，应考虑这种疾病，并尽快进行内镜检查和粘膜活检。确定诊断依赖于活检组织，以确认淀粉样纤维沉积。
