夏秋两季患者应与日本乙型脑炎进行鉴别CT或MRI基底核区病变较多。在鉴别单纯疱疹性脑炎时，散发的患者除了注意后唇周围经常出现疱疹外，还应注意大脑CT和MRI颞叶和额叶腹侧常见损伤。此外，还需要鉴别结核性脑膜炎、真菌性脑膜炎、梅毒性脑膜炎和细菌性脑膜炎。
1.颅内其他病原体感染 主要根据脑脊液和隐球菌脑膜炎主要根据脑脊液的外观、常规性、生化和病原体检查进行鉴别。此外，硬膜下积液的合并支持婴儿化脓性脑膜炎。颅外结核病变和皮肤发现PPD阳性有助于诊断结核性脑膜炎。
2.Reye综合征 由于急性脑病的表现和脑脊液的无明显异常，这两种疾病很容易混淆，但基于Reye综合征无黄疸，肝功能明显异常，发病后3~5天，部分患者血糖下降，可与病毒性脑膜炎或脑炎鉴别。
