常见的并发症有高血压、出血、血栓形成(脑血管、上下肢血管、冠状动脉、肠系膜动脉、肝静脉、脾的血管等)、胃十二指肠溃疡、肾结石、胆结石、痛风性关节炎、骨髓纤维化、白血病等。单纯静脉放血者并发栓塞及骨髓纤维化者多，用32P或者化学治疗者并发急性白血病，包括急性粒细胞和急性粒细胞-单核细胞白血病最多，也有少数淋巴细胞白血病。血栓形成是国外死亡原因最多的，其次是白血病、肿瘤、出血和骨髓纤维化。白血病通常发生在治疗后5~12年，有些病例首先转化为骨髓增生异常综合征，然后转化为急性白血病，治疗反应不良。有些病例几年后血细胞正常，脾脏逐渐增大，称为耗尽期(spent phase);有的病例发展为骨髓纤维化。
