1.有明显精神症状的，应当鉴别精神分裂症等功能性精神疾病。识别点主要是是否有躯体症状和体征，以及意识障碍的程度。
2.后遗症症状 成人以人格改变为主，儿童多见智能改变、行为改变等。精神症状均出现前，有明确的传染病感染史。
3.与其他脑脑器质性疾病
(1)意识障碍的鉴别：流行病学特征、临床表现及实验室检查，可区分出不同脑器质性疾病所出现的意识障碍。
（2）甲型脑炎鉴别：临床上也应与甲型脑炎相鉴别。甲型脑炎帕金森综合征更为常见和严重，并可短期恶化。在乙型脑炎中，帕金森综合征较轻，震颤、自主神经症状、瞳孔障碍等症状较少，改善趋势也较为明显。此外，人格变化、乙型脑炎和甲型脑炎不同，乙型脑炎一般不进行性，较轻。上述差异主要是由于甲型脑炎中的黑色病变比乙型脑炎更严重和进行性。此外，在乙型脑炎的后遗症中，严重的智能障碍更为常见，张口反射、强握反射等原始动作也很常见，瘫痪和舞蹈在乙型脑炎中更为常见。甲型脑炎的后遗智能障碍较轻，多为中度或轻度。
