(一)治疗
到目前为止，还没有令人满意的抗病毒治疗药物。阿昔洛韦对这种疾病无效。更昔洛韦和膦甲酸钠是两种治疗方法CMV感染的抗病毒药物已用于艾滋病患者和器官移植CMV感染患者的治疗或器官移植后的预防性药物，但临床使用后的效果并不理想。
阿昔洛韦是阿昔洛韦的衍生物，实验室观察可以抑制巨细胞病毒DNA合成。巨细胞病毒患者临床试用剂量为：缓慢静脉滴注更昔洛韦2.5mg/kg体重，1次/8h，或5mg/kg体重，1次/12h，总共2~3周。经初步观察，该药具有一定的近期疗效，但停药后病毒可复制活跃，需要持续数月甚至数年；由于该药具有一定的毒性，如减少白细胞和血小板的数量，往往难以长期使用。对阿昔洛韦过敏的人也禁止使用这种药物。此外，临床上还发现了一些CMV毒株对更昔洛韦有不同程度的耐药性；此外，该药物对巨细胞病毒性肺炎无效。
巨细胞病毒DNA聚合酶和HIV病毒反转录酶具有抑制作用，因此临床试用于巨细胞病毒和HIV感染病毒的病人。
(二)预后
一般成人或儿童患者发生CMV大多数临床感染后预后良好。对于器官移植受者、艾滋病患者、接受化疗或放疗的晚期癌症患者，CMV感染会导致严重的临床表现，或加速其死亡。CMV宫内感染可导致流产或死产。
