细菌性脑室炎的治疗与脑膜炎相似，应尽早查清致病菌及药物敏感试验，以便选用能透过血脑屏障的强效抗生素及药物，尽快投给。同时，应立即将先前置入脑室的引流管或分流管拔除，因为附着在管壁上的细菌具有更大的耐药性。如果脑室系统没有梗阻，选用的抗菌药物有效，感染常能得以控制，随之脑脊液细胞数即减少，病情亦迅速改善。设若是脑室系统存在阻塞，或敏试有效的药物透过血脑屏障较差时，则应在全身用药的同时，反复行脑室穿刺引流，并经脑室内给药。此时由于梗阻已变为脑室积脓（Pyocephalus），用置管引流或双管冲洗引流，4~8万u庆大霉素溶于500ml在生理盐水中，一根管子滴入，另一管等量排入封闭的瓶子或袋子，每分钟30~40滴，直到排水液清晰，症状改善，细菌培养阴性和白细胞正常，可拔出管道。
脓肿位于脑深处，靠近脑室。由于室管膜一侧脓壁纤维化过程缓慢，通常较薄，因此有突然突破脑室引起急性化脓性脑室炎的风险。在这种情况下，只有紧急开颅术才能切除脓肿，用抗菌盐水彻底冲洗脑室，并管理室外持续排水。同时，全身加强抗菌治疗，始终有一线治疗希望。
