一般实验室检查：白细胞减少。脑炎患者脑脊液淋巴细胞增多，蛋白质增多。
1.免疫学检查 常用于血清学抗体检测ELISA采用患者急性期和恢复期双血清，同时检测两血清，恢复期血清比急性期特异性IgG抗体滴度上升4倍以上为阳性。有助于诊断本病。
2.病原体检查 从潜伏末期到发病后第5天，病毒阳性率较高，新分离病毒的鉴定一般采用已知血清进行中和实验。
3. 分子生物学检查RT-PCR该方法通过设计西尼罗河热病毒特异引物来检测血清或脑脊液标本RT-PCR试验阳性率高，具有特异性诊断价值。
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