这种疾病需要与许多疾病进行鉴别，包括多发性骨髓瘤、骨制裁疏松症、畸形性骨炎甚至转移性肿瘤。穿刺诊断甲状旁腺机能亢进没有帮助。它只能消除一些疾病。有时穿刺会带来混淆。因为穿刺物中可以发现巨细胞，有时误诊为多发性骨巨细胞瘤，甚至因病变不断出现而诊断为恶性骨巨细胞瘤。
继发性甲状旁腺机能亢进和发性甲状旁腺机能亢进可根据血磷水平区分，但很难诊断第三种甲状旁腺机能亢进，只能根据整个病史发展过程进行诊断。
更难诊断甲状旁腺病变的定位和定性。可诊断同位素硒扫描和选择性动脉造影，甲状腺下静脉导管检查和测量甲状旁腺激素含量。
