主要总胆管结石、总胆管瘤、胰头、胆管狭窄等梗阻性黄疸，主要鉴别方法为胆道造影。应与以下疾病进行鉴别：
1.慢性活性肝炎
抗线粒体抗体阳性，胆淤及组织学胆管异常者，应先除慢活肝外。我国慢活肝胆淤型较多PBC短期皮质激素治疗有助于区分这两种疾病。
2.硬化性胆管炎
这种疾病很少见，主要涉及大胆管。上述免疫标志为阴性，多为细菌感染性发热。胆管造影有助于识别。
3.药物引起的黄疸
如氯丙嗪、甲基睾酮、磺胺、砷制剂等。主要由个体过敏引起，有服药史，服药后几周内，黄疸可持续数年，常伴有血嗜酸细胞增多，肝活检不典型PBC组织表现。
