(一)病因
细菌性肝脓肿是由化脓性细菌引起的肝内化脓性感染，又称化脓性肝脓肿。肝脏通过丰富的胆道血液供应和单核血液供应，接受肝动脉和门静脉的双重血液供应-巨噬细胞系统具有很强的吞噬作用，可以杀死入侵的细菌，防止其生长，因此细菌性肝脓肿不常发生。当人体抵抗力较弱时，入侵的化脓性细菌会引起肝脏感染并形成脓肿。细菌性肝脓肿最常见的致病菌是大肠埃希杆菌、变形杆菌、铜绿假单胞菌，儿童是金黄色葡萄球菌和链球菌，Friedländer其次是肺炎杆菌。病原菌可通过以下方式进入肝脏：
1.胆道系统 这是我国患者最重要的感染方式。胆道结石、胆道蛔虫或华支睾吸虫病等胆道阻塞和继发性感染并发性急性化脓性胆管炎患者，细菌可沿胆道上升，感染肝脏，形成肝脓肿。
2.门静脉系统 腹部感染（如坏疽阑尾炎、化脓性盆腔炎等）、肠道感染（如溃疡性肠炎、细菌痢疾等）、痔疮感染可引起门静脉分支血栓性静脉炎，脓毒性栓脱落可沿门静脉系统进入肝脏，引起肝脓肿。由于抗生素的广泛应用，这种感染很少。
3.淋巴系统 肝脏的邻部位如胆囊炎、膈下脓肿、胃、十二指肠穿孔等化脓性病变，细菌可通过淋巴系统侵入肝脏。
4.当上呼吸道感染、急性骨髓炎、亚急性心内膜炎、疖子、痈等并发菌血症时，病原菌可从肝动脉进入肝脏。
5.直接入侵 当肝脏有开放性损伤时，细菌可以通过伤口直接入侵。有时，当肝脏闭合损伤形成膜下血肿时，肝脏中的原始细菌会将血肿转化为脓肿。
6.其他未知的方法 许多肝脓肿没有明显的原因，如隐藏的肝脓肿。当身体抵抗力减弱时，可能会有一些感染性病变，偶尔的细菌血症会导致肝炎和脓肿。据报道，隐藏的肝脓肿25％伴有糖尿病。
近年来，由于抗生素的广泛有效应用和手术治疗的进展，细菌性肝脓肿是由其他腹腔感染引起的罕见病例。与早期和近10年的细菌性肝脓肿病例相比，胆结石和肿瘤已成为主要的致病原因，糖尿病患者很容易发病(8.3％)，细菌培养阴性的病例增加了(52.1％)。目前，胆源性肝脓肿约占一半以上，结石或癌性胆道梗阻更容易发生，一些基层单位仍报道胆道蛔虫。
至于所谓不明原因的肝脓肿，推测最有可能是由原发病变不明显的菌血症引起的；轻度肝损伤或缺血也可能是其直接诱因，糖尿病也是细菌性肝脓肿的诱因。有时肝脓肿的细菌培养结果为阴性，不排除厌氧菌培养技术不当。
(二)发病机制
细菌性肝脓肿多为混合性感染，常同时检出多种细菌，主要是内源性细菌。60％以上是肠革兰阴性杆菌，过去最常见的是大肠埃希杆菌，最近的克雷白杆菌已经上升到第一位。最常见的阳性球菌是金黄色的葡萄球菌。克雷白杆菌、变形杆菌和铜绿假单胞菌是长期住院和抗生素治疗患者脓肿的重要致病菌。大约一半的肝脓肿患者可以在脓液中检测到厌氧菌，最常见的厌氧菌是脆弱杆菌、巨核梭形杆菌等。胆源性肝脓肿和门脉血行感染性肝脓肿的病原体主要是大肠埃希杆菌，肝动脉血行感染性肝脓肿的病原体主要是金黄色葡萄球菌。
细菌侵入肝脏后，会引起肝脏的炎症反应。当身体抵抗力强或经过一定的治疗后，炎症可以自行吸收，甚至一些已经形成的小脓肿，经过有效的治疗后也可以被吸收和愈合。相反，当身体抵抗力低下，治疗不及时时时，炎症就会进一步蔓延和扩散。特别是在病变相对集中的部位，由于肝组织的破坏，多个小脓肿可以逐渐扩大，并相互融合成一个或多个大脓肿，因此肝脓肿大多是单一的，但也可以是多个。一般来说，血源性感染者常发生，病变主要是右肝或全肝。胆管源性肝脓肿起源于多个小脓肿，其分布与肝内胆管病变的分布一致，位于肝一侧、一叶或一段。脓腔常与胆管相连，胆管内也充满脓液。有些人认为，急性阻塞性化脓性胆管炎的后期，本质上是急性肝脓肿的一种表现。肝外伤后血液感染引起的脓肿和隐原性脓肿，多为单发性脓肿，一旦发性胆管出血管出血，也可由于临床脓肿引起。
