1.硬化性苔藓应不同于老年人的生理萎缩。后者仅见于老年妇女，其外阴皮肤萎缩与身体其他部位相同，表现为外阴组织，包括皮肤层和皮下脂肪层萎缩，因此大阴唇扁平，小阴唇退化，但患者无意识症状。
2.原发性外阴萎缩(primary vulvar atrophy)，可发生发生在中年妇女身上。起初，皮下脂肪组织消失，大阴唇变平，然后头发脱落，表皮枯萎，干燥明亮，呈淡白色或灰白色，可能出现小红斑，小阴唇和阴蒂萎缩消失，多伴有外阴瘙痒、灼烧或刺痛。虽然这些患者没有典型的丘疹病变早期硬化性苔藓发病，但其临床和病理发现不能区别于晚期硬化性苔藓患者，因此一些学者认为所谓的原发性外阴萎缩可能是在幼年患有外阴硬化性苔藓，恢复中年复发，所以外阴萎缩，所以仍应诊断为外阴硬化性苔藓，不应诊断为原发性外阴萎缩免混淆。
3.硬化性苔藓应与白癜风和白化病相鉴别。白癜风无意识症状，局部皮肤白色区域与周围组织界限清晰，表面光滑湿润，弹性正常，身体其他部位可伴有白癜风。白化病无意识症状，身体其他部位也可发现同样的病变。
