临床症状主要包括上腹痛、腹胀、早饱、打嗝、厌食、烧心、反酸、恶心呕吐。病程主要在2年内，症状可反复发作，也可在相当长的一段时间内无症状。可以是一个症状，也可以是多个症状的叠加。大多数很难明确或加重疾病的原因。
芝加哥专题会议将功能性消化不良分为五个亚型：①反流样消化不良(reflux-like dyspcpsia);②运动障碍样消化不良(dysmotility-like dyspepsia);③溃疡样消化不良(ulcer-like dyspepsia);④吞气症(aerophagia); ⑤特发性消化不良(idiopathic dyspepsia)。然而，后两种类型的概念相对模糊，一些学者建议将其分为三种类型（即前三种类型）。但目前，4类分类较多：①运动障碍样型；②反流样型;③溃疡样型;④非特异型。
1.运动障碍消化不良 这类患者主要表现为腹胀、早饱和打嗝。进食后症状大多加重。过饱时会出现腹痛、恶心甚至呕吐。动力学检查50％～60％患者有胃近端和远端收缩和舒张障碍。
2.反流样消化不良 突出表现为胸骨后痛、烧心、反流。内镜检查未发现食管炎，但24h pH一些患者可以通过监测发现胃食管酸反流。对于无酸反流患者，认为这与食管对酸敏感性的增加有关。
3.溃疡样消化不良 主要表现为与十二指肠溃疡相同的特征。夜间疼痛、饥饿疼痛、进食或服用抗酸药物可缓解，可伴有反酸，少数患者伴有胃灼热，症状为慢性周期性。内镜检查中未发现溃疡和糜烂性炎症。
4.非特异型消化不良 消化不良表现不能归入上述类型者，常合并肠易激综合征。
然而，除反流样消化不良外，其他类别没有重要的临床意义。许多患者不止一个亚型；这种分类与病理生理紊乱和临床疗效无关。例如，胃轻瘫的发病率不高于其他亚型；促进动力药物对其疗效不一定比其他亚型患者好。然而，消化不良患者胃食管反流的发病率确实高于其他亚型患者，抗反流治疗效果更好。
1. 对于功能性消化不良的诊断，应首先排除器质性消化不良。除仔细询问病史和综合体检外，还应进行相应的辅助检查和实验室检查。大多数功能性消化不良的诊断可以根据一线检查基本确定。此外，许多原因不明的腹痛、恶心和呕吐患者经常通过胃肠道压力检查找到原因，并逐渐应用于儿科患者。
2.功能消化不良通用诊断标准
(1)临床表现：慢性上腹痛、腹胀、早饱、嗳气、反酸、烧心、恶心、呕吐、喂养困难等上消化道症状，持续至少4周。
(2)辅助检查:内镜检查无胃、十二指肠溃疡、糜烂、肿瘤等器质性病变，无食管炎，无上述病史。B超、X排除肝、胆、胰疾病。
(3)实验室检查，排除肝、胆、胰疾病。
(4)无糖尿病史、结缔组织病、肾病和精神病。
(5)无腹部手术史。
3.罗马Ⅱ 罗马的诊断标准Ⅱ成人诊断儿童功能消化不良的标准如下：
以下症状在12个月内至少出现12周，但无需连续出现：
(1)上腹持续或复发性疼痛或不适。
(2)无器质性疾病的证据。
(3)排便后不缓解，排便次数和形状无变化。
