由于念珠菌是一种共栖菌,从痰、口、阴道、尿、粪便或皮肤中培养的念珠菌并不一定意味着发生了性侵入性念珠菌感染.诊断必须具有特征性的临床病变、受侵组织的组织病理证据因.血液、脑脊液、心包或心包积液或活检组织标本的阳性培养是决定全身治疗的必要诊断依据.组织标本内有典型的由酵母菌,假菌丝和/或菌丝所致的组织病理学征象也具有诊断价值.但通常是推测性的开始治疗.虽然已经进行了各种血清学方法来检测抗体或抗原,但没有足够的特异性和敏感性可用于严重患者的快速诊断或排除诊断.

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