溃疡性结肠炎应属于中医“泄泻”、“肠”、“休息痢”等等。其治疗是中医辨证与西医辨病相结合“整体观念”为指导。因此，治疗措施、攻补兼施，祛邪为主，兼顾培土扶正。健脾健胃，利湿热为主。祛邪应清热消炎。可选择黄连、黄芩、白头翁、马齿苋、蒲公英、败酱草等。；党参、黄芪、茯苓、山药、扁豆、薏苡仁、白术等。可用于矫正健脾利湿。然后根据患者的具体症状进行加减。据报道，参苓白术散合连理汤加减、白头翁霍朴夏苓汤加减或痛泻加减、溃疡性结肠炎治疗均取得良好效果。
中药灌肠治疗：黄芩湿热实证15g、黄连10g、秦皮10g、白皮翁30g、白芍15g、白芨15g、石榴皮15g。黄芪是脾虚夹湿的人30g、黄连10g、黄芩10g、马齿苋30g、白芨10g、苍术50g、五倍子5g。上两边都是水煎50～100ml，冷的时候，每晚睡前保留一次灌肠，半个月一个疗程。锡散、黄连素、苦参、云南白药也可用于保留灌肠。
结肠宁、补脾益肠丸、结肠炎丸等中成药与西药配合治疗溃疡性结肠炎，效果良好。
