重复尿道的真正原因还不是很清楚有很多理论，但每种理论都不能解释所有类型的原因，主要理论如下。
一、Das(1977)认为，在胚胎尿道发育过程中，阴茎和尿道板发育不平衡协调，发生以下三种情况。
1.尿生殖窦的阴茎已经发育，尿道脊发育缓慢。由于阴茎已经发育，尿生殖窦也随着阴茎向前发育，即形成副尿道。当副尿道形成时，尿道脊开始发育，形成正尿道。结果是第一个Ⅰ重复尿道。
2.生殖皱褶畸形融合，尿道交叉，形成第一Ⅱ尿道不完全重复。
3.午菲管和苗勒管对男女尿道的分化起着重要作用。午菲管占主导地位，即发展成女性尿道。在尿道发育过程中，如果午菲管一开始处于劣势，尿道就会在会阴开口，然后午菲管就会从劣势转变为优势，尿道就会随着阴茎发育成男性尿道，导致重复尿道。一个尿道在会阴开口，另一个尿道随着阴茎发育，在阴茎头开口，即第一个Ⅲ重复尿道。
二、Wilson认为（1971）尿直肠膈膜将穴位和肛门分为前后腔，前部发育为膀胱和后尿道，后部发育为肛门直肠。尿生殖膈膜止于穴位和肛膜。如果继续向下发育，尿道也分为前后两部分，形成重复尿道，即第一部分Ⅰ重复尿道。
三、间质从尿道原基侧插入，将尿道分为前后两个管腔（Tripathi，1969）。
四、胚胎时尿道沟交叉，即形成重复尿道呈第一Ⅱ型（Moog，1968）。
