亚急性甲状腺炎的病因主要是由病毒感染引起的异常反应,如柯萨奇病毒、腮腺炎病毒、流感病毒、腺病毒感染等,也可发生在非病毒感染(如Q热或疟疾等。).近年来,研究发现遗传因素也可能参与发病,发现患有亚急性甲状腺炎的双胞胎患者HLA-B35与自身抗原和感染病毒相关的抗原T细胞可发生交叉反应,导致身体自身免疫反应,对甲状腺细胞造成损害。

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