先天性直肠肛门狭窄易于诊断，因为它是体表畸形。除临床检查外，还必须进一步确定直肠盲端与肛提肌平面与肛皮的距离，以确定畸形的类型、瘘管的位置和合并畸形。这些检查方法如下：
1、外周血
当出现感染和全身中毒症状时，外周血白细胞和中性粒细胞增加，血小板数量减少。
2、血生化
并发脱水、酸中毒时，常规查血钠、钾、氯、钙、血pH值，尿素氮，肌酐等。
三、尿常规检查
尿液中有胎粪成分。
4、倒立侧位X线平片
需要在出生后12小时以上拍摄，等待气体到达直肠。生活能力差的人需要更长的时间。将钡剂涂在会阴肛门区皮肤上作为标记摄影前将婴儿倒立2～3分钟后，直肠盲 端胎便与肠管气体相互转换，髋关节呈现90°屈曲位，使保持能够充分显示P点(耻骨中心)，C点(骶尾关节)I点(坐骨最低点)的角度以股骨粗隆 为中心，呼气、吸气、哭闹时各拍一张。I点设一与PC线相平行的I线，与PC直肠盲端位于肛提肌之间PC线上方为高位，二线之间 为中间位，超越I线为低位。或者设置M坐骨结节的上2/3和下1/3交接点在M线上方为中间位，M线下为低位。但必须注意肠道充气不足、胎便过粘、肛提肌运动等各种影响因素，X线投照角偏差等都会影响位置的正确性。
5.瘘管造影
瘘管造影要求在注射造影剂和排出造影剂时显示结肠图像。结肠直肠与尿道的双重造影可显示直肠瘘与尿道的关系，阴道造影可显示阴道与直肠的关系。
6、CT
可显示肛提肌群的发育状态和方向，也可作为术后随访的参考。正常儿童CT表明耻骨直肠肌就像一个软组织肿块，前固定在耻骨上，后与直肠两侧和后壁相连，内外括约肌形成卵圆形肿块，难以分离。不同类型的肛门直肠畸形儿童有不同的类型CT如直肠尿道瘘所示，耻骨直肠肌包围尿道和直肠盲端，肛门括约肌 位于会阴正下方。
7、B型超声检查
不受时间限制，检查前不能做特殊准备。该方法安全简单，测量数据可靠，更多X线误差小，可重复，儿童疼痛小。
8、磁共振(MRI)
肛门直肠畸形的应用可以观察肛门周围肌群的变化，判断骶尾椎的畸形类型和畸形。
