新生儿肛门和直肠畸形的儿童出生后一般情况良好，医疗时间多在出生后5天内。高肛门直肠锁合并瘘管，多小不能保持排便顺畅，应在新生儿期尽快进行根治性手术。低或中间锁，瘘管通常较厚，出生后排便顺畅，可延迟至婴儿手术。先天性狭窄，探头可扩张，必须持续1年。如果是膜锁，切开隔膜，然后扩张。肛门皮肤与直肠盲端的距离2cm在此期间，会阴行肛门成形术后继续扩大肛门。肛皮与直肠盲端的距离2cm以上，以及膀胱或尿道直肠瘘的结合，可暂时进行结肠瘘或一期会阴肛门成形术，术后也必须扩大肛门，防止疤痕狭窄。肛门正常，直肠闭锁必须开腹。
