先天性肛门直肠畸形的诊断在临床上并不困难，但主要是如何正确确定闭锁高度、直肠盲端与耻骨直肠肌的关系、泌尿瘘和骨畸形。本病的临床检查主要如下：
1.尿检：鳞状上皮细胞含有明显的胎粪或显微镜检查，常形成直肠尿道瘘和直肠膀胱。
2、血象检查：白细胞和中性粒细胞在感染时会增加。贫血时血红蛋白浓度降低，红细胞计数降低。
3、血生化检查：有水电解质紊乱，应做血钠、钾、氯、钙、镁pH值、肌酐等检查。
4、X检查线倒置法检查：X对直肠末端气体阴影与会阴皮肤的距离作为判断畸形的必要诊断措施。
5.超声波检查：直肠盲端与肛门皮肤的距离可以通过超声波准确测量。
6、瘘管造影：瘘管合并但诊断困难的，可采用瘘管造影，侧卧位摄影采用碘油。
7、尿道膀胱造影：可以看出，造影剂充满瘘管或进入直肠，可以确定诊断。这种方法对新生儿来说不容易成功性可以肯定诊断，阴性不能除外。
8、X线腹平片检查：在X膀胱内的气体或液平面是诊断泌尿系瘘的简单可靠的方法，尿道膀胱造影也常用于诊断。
9、X线骨盆前后位片：约有45％肛门直肠畸形新生儿骶骨发育异常，这种变化与未来的排便功能密切相关。因此，根据骶骨发育的比例，应同时拍摄骨盆前后片，这有助于儿科外科医生判断预后。
10、CT扫描和磁共振成像：对于无损伤技术，已逐步应用，可了解直肠盲袋在无肛畸形中的位置。
