一、病因
功能性消化不良的原因尚不清楚，被认为是各种因素综合作用的结果。这些因素包括饮食和环境、胃酸分泌、幽门螺杆菌感染、消化道运动功能异常、心理因素等胃肠道功能障碍疾病，如胃食管反流性疾病(GERD)、吞气、肠易激综合征等。
二、发病机制
其发病机制尚不清楚，与以下机制有关：
1.饮食和环境因素
功能性消化不良患者的症状往往与饮食有关。许多患者经常抱怨一些气体饮料、咖啡、柠檬或其他水果和油炸食品会加重消化不良。虽然双盲食物诱导试验质疑食物诱导的意义，但许多儿童在避免上述食物并平衡饮食结构后仍感到症状减轻。
2、胃酸
一些功能性消化不良的患者会出现溃疡症状，如饥饿疼痛，进食后逐渐缓解，腹部有指导性压痛。当给予制酸剂或抑酸药物时，症状可在短时间内缓解。这些都表明些患者的发病率与胃酸有关。
然而，绝大多数研究证实，基础胃酸和最大胃酸分泌没有增加，胃酸分泌与溃疡症状无关，症状程度与最大胃酸分泌无关。因此，胃酸在功能性消化不良疾病中的作用仍需进一步研究。
3.慢性胃炎和十二指肠炎
约有功能性消化不良患者30％～50％经组织学检查确认为胃窦胃炎，许多欧洲国家将慢性胃炎视为功能性消化不良，认为慢性胃炎可能通过神经和体液因素影响胃的运动功能，一些作者认为非侵蚀性十二指肠炎也属于功能性消化不良。应指出，功能性消化不良症状的严重程度并不平行于胃粘膜炎的病变。
4.幽门螺杆菌感染
Hp它是一种革兰阴性细菌，通常种植在胃的粘液层表面。无症状成人Hp的感染率在35％以上，90％以上十二指肠溃疡患者存在Hp。用抗生素可以根除铋Hp，组织学胃炎消退，溃疡复发率从每年开始80％以上减少到每年10％以下。所以Hp十二指肠球部溃疡和慢性胃窦炎的重要原因已基本明确。
