鉴别诊断应考虑急性化脓性淋巴结炎，最常见的是颈部化脓性淋巴结炎，发病紧急，局部淋巴结急性炎症现象明显，周围血象白细胞和中性多形核粒细胞数量显著增加，有利于鉴别，除传染性单核细胞增多和布氏杆菌病外。
重症淋巴结结核须与霍奇金病，白血病及淋巴肉瘤鉴别，霍奇金病的淋巴结肿大范围极广，每从颈部，胸腔直到腹腔皆有波及，淋巴结肿大发生快，往往压迫食管及气管引起吞咽与呼吸困难，或压迫门静脉而发生腹水症状，但不会发炎，化脓或钙化，常有反复性发热(每次发热约1～2周)和皮肤瘙痒，有时可以看到明显的脾肿大，诊断依赖于活组织检查，白血病有特殊的血象可以识别，淋巴肉瘤病程危险，压迫症状如嘶哑和呼吸困难，经常合并胸痛、胸积液等，识别主要依靠活组织检查，此外，淋巴结核应与淋巴结反应性增生包括组织细胞反应性增生和免疫母细胞性淋巴结疾病，后者的临床特点是放松和高烧、全身淋巴结肿大、肝脾肿大和血液沉加快，部分病例有皮疹和关节疼痛，激素治疗有效，诊断依赖于淋巴结活检，颈部淋巴结核必须与颈部放线菌病不同，后者颈部大多沿下颌边缘形成硬渗透，无法移动，红肿、软化、逐渐破裂形成多个瘘管，分泌硫样颗粒的薄脓液，放线菌可在显微镜下找到，颈部淋巴结炎是由非典型分枝杆菌引起的，病理检查无法区分，两者都可以钙化，诊断依赖于这种疾病，PPD-B细菌分离后的反应阳性和培养分型是肯定的。
