治疗的主要目的是去除瓣膜。手术方法的选择和方法应根据梗阻程度和儿童健康状况确定。对于轻度和中度梗阻伴有轻度氮质血症的患者，可选择经尿道电灼瓣膜，疗效令人满意。少数患者可插入导尿管、膀胱镜或会阴切开尿道，插入尿道探子，破坏瓣膜，扩张尿道。
梗阻严重导致不同程度的肾积水。尿性脓毒症和氮血症患儿应接受抗生素治疗，留置导尿管，纠正和电解质平衡紊乱。膀胱输尿管回流和肾发育不良的儿童应接受膀胱造瘘。
大多数肾积水严重的儿童，由于输尿管扩张缓慢，膀胱三角形肥厚，导致输尿管膀胱连接梗阻，单膀胱瘘和瓣膜切除效果不满意。对于这些患者，需要进行输尿管皮肤瘘，以保护肾功能，减少或消除肾积水，然后进行瓣膜切除术和输尿管重建。
尿路转流时间应尽可能短，膀胱膀胱和上尿路转流可导致永久性膀胱挛缩。Johnston(1979年)报道尿道瓣膜的儿童约会50％伴有膀胱输尿管返流，双侧返流预后往往很差。梗阻解除后，1/3患者返流可自然消失，2/3患者返流需要手术治疗。
阻塞解除后，还需要使用抗生素来预防尿性脓毒症和尿路感染的复发。