膈下脓肿患者的脓肿部位可续钝痛（指性质与刺痛、刀切样痛相反，疼痛不太尖锐，钝痛也常见于内脏炎症或癌症疼痛，如膈下脓肿引起的疼痛，但程度较严重）．深呼吸往往会加重。疼痛通常位于近中线肋缘或剑突下。
脓肿位于肝脏后面，可能有肾脏疼痛，有时可能涉及肩膀和颈部。脓肿刺激膈肌，可引起呃逆。膈膜感染可通过淋巴引起胸膜、肺反应、胸水、咳嗽、胸痛。脓肿穿破胸部。近年来，由于抗生素的广泛应用，局部症状并不典型。严重时，局部皮肤凹陷水肿．皮肤温度升高。患侧胸下呼吸声减弱或消失。右膈下脓肿可扩大肝浊音界，约10％-25％脓腔含有气体，患者可感到局部弥漫性肿胀、疼痛和压痛，波动不明显。如果临床试验穿刺可以提取脓液，也可以作为超声波或放射性X线后协诊。
