脑干损伤分为原发性和继发性。前者是指受伤时直接发生的脑干损伤；后者是颅内血肿或脑水肿引起的脑疝对脑干压迫的损伤。
原发性脑干损伤约占颅脑损伤的2％％；重型颅脑伤约占5％～7％；。病理脑干损伤的病理变化是不同的。轻度患者只有显微镜下可见的点状出血和局限性水肿。严重者可见脑干内神经结构断裂、局灶性或大出血、水肿和软化。
临床表现如下：
1.意识障碍:伤后立即出现，更严重，持续时间长。严重损伤者为深昏迷，所有反射消失，四肢软瘫。轻度患者可能对疼痛刺激有反应，角膜和吞咽仍然存在，不安。
2.瞳孔变化：表现为双瞳不等、大小多变，或双瞳极度缩小，或双瞳散大。
3.眼球位置和运动异常：脑干损伤涉及眼睛移动、滑动或神经核，可导致斜视、复视和相应的眼球运动障碍；如果眼球协同运动中心受损，可能会出现眼睛协同运动障碍。
4.锥体束征和去脑强直脑干损伤：早期主要表现为软瘫、反射消失、肌腱反射亢进和病理发射。在严重的情况下，可以去脑强直，这是脑干损伤的特征表现。强直可以是阵发性的，也可以是持续的，或者从阵发到持续的。
5.生命体征变化：伤后立即出现呼吸功能障碍是严重脑干损伤的重要标志之一，表现为呼吸节律不规律、抽泣呼吸或停止呼吸。同时，循环功能也倾向于衰竭、血压下降和脉搏虚弱。通常伴有高烧。
6.其它症状常见的有消化道出血和顽固性呃逆。