内脏利什曼病的病原体是杜利什曼原虫、杜利什曼原虫婴儿亚种和杜利什曼原虫恰氏亚种，一些学者认为这三种都是独立的昆虫。最近，也有报道称，热带利什曼原虫偶也会引起内脏利什曼病。利什曼病原虫的生活史包括两个阶段：前鞭毛体和无鞭毛体（以前称为利多体）。前鞭毛呈锥形，前端宽，后端尖细，大小15～25μm×1.5～3.5μm，一根鞭毛从前顶伸出，核位于中心，动基体位于前部。无鞭毛呈椭圆形，大小2.9～5.7μm×1.8～4.0μm，内部有核和动基体。当白飞叮咬时，患者或储存在宿主体内的无鞭毛体进入白飞的胃，转化为前鞭毛体。经过大约7天的发育和繁殖，前鞭毛体进入白飞的喙。此时，当白飞再次叮咬人或其他动物宿主时，前鞭毛体进入其体内，被吞噬细胞吞噬，转化为无鞭毛体并繁殖，并被带到网络内皮系统的各种器官继续繁殖。除大小外，各种利什曼原虫的形状没有明显差异，只能基于同工酶电泳和DNA对虫种进行分析等鉴别。
