1.口服染料试验 最简单实用的方法是口服不吸收的染料，如亚甲蓝、骨炭粉、刚果红或靛蓝胭脂，观察是否有染料从瘘管排出，并根据排出时间推测瘘管的位置。排出的染料数量也可以作为推测瘘管大小的因素。
2.瘘管造影 这是一种更可靠、更直接的检查方法。从瘘管中插入一根细塑料导管，用金属标记瘘管。从导管中注入泛影葡胺、12.5％；碘化钠或碘油，观察荧光屏上造影剂的方向，调整导管插入深度、导管插入深度、造影剂注入量和患者体位。选择合适的时间拍照，几分钟后重复拍照，了解瘘管脓肿的存在等。
3.胃肠钡剂造影 也可以显示肠瘘的部位。然而，由于钡剂比水溶性造影剂厚，很难完全显示整个瘘管和脓肿。但是，可以观察瘘管是否有远程肠梗阻。另一方面，小肠瘘不能进行上述瘘管造影检查，胃肠钡餐检查已成为主要的诊断和检查措施。如果怀疑结肠瘘，也可以进行钡灌肠检查。如果是胆肠瘘，则可以看到胆管内的气体显影，钡可以通过胃肠瘘进入胆囊或胆管。
4.CT、B超检查 B超有利于腹部脓肿的定位诊断。检查时，腹部隐藏部位的脓肿受肠腔积气的影响CT帮助诊断。
