治疗莱姆病性巩膜炎或巩膜外炎的主要目的是根除致病的伯疏螺旋体。与其他螺旋体疾病一样，早期莱姆病对抗生素的疗效最好。很难确定抗生素治疗何时停止，因为很难确定病原体是否长期消。这里提出的治疗方案是指导原则。随着时间的推移和研究的深入，无疑会有更准确、更有效的改进。
多西环素可用于一期莱姆病(doxycycline)100mg，2次/d或阿莫西林(amoxicillin)500mg，3次/d或红霉素250mg，4次/d儿童饮减10~21天。二三期莱姆病青霉素2400万U/d，静脉注射4次，或头孢曲松2.0g2次/d静脉注射21天治疗青霉素25万U/kg，4次/d静脉注射或头孢曲松100m/kg，2次/d，静脉注射，共21天。
莱姆病血清抗体测定阳性无特殊症状，可口服多西环素100mg，2次/d，4~6周或口服四环素500mg4次/d，4儿童青霉素6周V钾片50mg/kg口服4次，或阿莫西林125~250mg，3次/d口服，或链霉素40mg/kg分4次口服，每种治疗3～4周。
糖皮质激素不适合全身使用，因为它会加重螺旋体感染。但是，局部应用可以在密切监测下进行，以减少局部并发症的发生。需要慢慢减量。
