阑尾炎最有效的治疗方法是手术切除术。如果考虑急性阑尾炎，应尽快进行手术切除术，否则甚至会导致阑尾化脓性破裂，导致腹膜炎；如果周围脓肿和包裹已形成，则不宜进行手术。通常，应先进行抗炎治疗，3个月后选择阑尾切除术。慢性患者可在炎症控制3个月后选择入院，或在急性发作时进行急诊手术。
近年来，通过微创手术切除阑尾，通常在下腹部打开三个小孔，每个伤口约5mm，大部分需要30到90分钟，如果能尽快切除，手术成功率达到90％。经过改进的传统手术，腹部切口通常只有2到5厘米，解剖清晰的病例通常需要大约15到30分钟。这两种手术方法都没有绝对的优缺点。相比之下，微创手术后切口感染发生率低、腹部粘连轻、并发症少、切口疼痛轻，在肥胖患者中具有更明显的优势。
