低位肛瘘可以通过肛瘘切除术、肛瘘挂线术进行治疗，同时可以配合肛门括约肌功能锻炼、中药坐浴等方法缓解不适症状。

1.肛瘘切除术

肛瘘切除术通常采用局部麻醉，在医生指导下找到并清除所有瘘管及感染源后直接缝合切口。此手术旨在移除病变组织以肛瘘，减少复发风险。

2.肛瘘挂线术

肛瘘挂线术是将橡皮筋或者药线环绕于肛瘘外壁根部，利用其刺激性腐蚀作用缓慢切割、剥离周围组织的方法。该方法可防止一次性切断肛管造成严重并发症，同时也能达到目的。

3.肛门括约肌功能锻炼

患者可以在医生指导下通过提肛运动来增强肛门括约肌的功能，每天做3-5次，每次持续5-10分钟。这种锻炼能够改善血液循环，促进伤口愈合，还可以预防术后便秘的发生。

4.中药坐浴

患者可在医生指导下使用高锰酸钾溶液、复方荆芥熏洗剂等药物进行温水坐浴，每日2次，每次20分钟左右。中药坐浴能起到清热解毒、消肿止痛的作用，有利于缓解不适症状。

在治疗低位肛瘘的过程中，应遵循医嘱，避免剧烈运动，以免加重病情。合理饮食也很重要，宜多食蔬菜水果，保持大便通畅，避免辛辣刺激性食物。