胚胎移植第5到6天小腹隐痛可能是着床痛、激素水平变化引起的疼痛、卵巢过度刺激综合征、先兆流产、异位妊娠等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.着床痛

受精卵着床时会引起子宫内膜轻微损伤和炎症反应，这些因素可能会导致小腹部出现隐隐作痛的症状。这种疼痛通常为轻度、间歇性，一般不必过于担心，但如果疼痛加剧或伴有其他不适，应及时就医。

2.激素水平变化引起的疼痛

由于体内雌孕激素水平发生波动，会导致子宫平滑肌收缩痉挛而引起疼痛。对于这种情况所引起的疼痛，可以通过热敷的方式进行缓解。也可以遵医嘱使用硫酸镁注射液、黄体酮软胶囊等药物进行改善。

3.卵巢过度刺激综合征

如果存在促排卵方案中使用的药物剂量过大，可能导致多个卵泡同时发育并分泌大量雌激素，从而引起卵巢充血水肿甚至出血，形成腹水，使患者感到下腹部坠胀或疼痛。轻度症状可通过卧床休息和饮食调整来缓解;重度则需住院治疗，如限制液体摄入量、利尿剂治疗等。

4.先兆流产

先兆流产可能由多种原因引起，包括染色体异常、内分泌失调、免疫因素等，此时会出现阴道流血、腹痛等症状，当胚胎组织从宫腔流出时，会对子宫产生一定的刺激作用，进而引起小腹疼痛的现象。针对先兆流产的情况，可以配合医生服用保胎灵片、固肾安胎丸等药物进行调理。

5.异位妊娠

若输卵管功能受损或者有输卵管炎病史，则可能导致受精卵无法正常运行至宫腔内着床，而是滞留在输卵管处，随着胚胎逐渐生长，会对周围组织造成压迫和刺激，引起持续性的下腹部钝痛或绞痛。对于异位妊娠的处理需要高度警惕，一旦确诊应立即行手术切除患侧输卵管以防止破裂大出血的发生。

建议密切监测疼痛强度和频率的变化，以及是否有其他伴随症状，如阴道出血等。必要时，可进行超声波检查以评估胚胎位置和健康状况。