云南中西医结合医院注重发挥中医优势，突出中医特色，提出了“中医特色优先发展”战略，初步形成了“院有专科、科有专病、病有专药、人有专长”的学科建设格局。通过几年的努力和发展，逐步形成了心脑科、针推科两个特色专科，骨伤科、肛肠科和康复科被云南省卫生厅批准为省级重点专科，针推科为农村医疗机构中医特色专科建设单位。