南通市妇幼保健院始建于1982年底，1983年4月1日正式开诊，前身为南通市妇产科医院。1985年，医院开设了综合门诊，1986年以后，随着医疗任务、床位和人员编制的增加，医院逐步走上了健康发展的道路。1988年，医院又开设了综合病房，走上了“大专科，小综合”的道路。1990年，近4000平方米的新妇产科大楼投入使用。1991年，医院开设了内科、外科、儿科、新生儿科病区。近几年先后引进了CT、CR、全自动生化分析仪、彩超等一系列先进的专业设备。2002年6月6日，经南通市编制委员会批准，医院正式由原南通市妇产科医院更名挂牌为南通市妇幼保健院。2004年11月，医院正式晋级为江苏省三级乙等妇幼保健院。目前，南通市妇幼保健院已发展成为基础设施完善、医疗设备先进、技术力量雄厚，集保健、医疗、教学、科研为一体，以妇幼保健为中心的综合性医院。多年来，医院不断加强基础管理和基础设施建设，环境卫生整洁优美，“花园式医院”已成为南通市卫生行业的一个新亮点，先后获得江苏省文明单位、南通市文明单位、创十佳医院先进单位、市预防保健先进单位、城市卫生管理先进集体等荣誉称号，为南通市广大妇女儿童的预防保健、身体健康作出了积极贡献。

保健方面设有妇女保健科、儿童保健科、社区保健科及相关配套二级科室，医疗方面设有妇、产、儿、内、外、中医、皮肢、性病、五官、口腔、整形美容、助孕等临床科室，并设有药事、检验、影像、病理、物理诊疗、彩超、B超、心电图、彩色多普勒超声心动图、心功能检测、血液变量、遗传实验、同位素、内窥镜、胎儿心电图、胎儿脐血流图、胎儿监护、体外反搏、光量子等医技科室，功能齐全、设备先进，技术力量已能基本满足医疗需求。编制床位320张，设6个病区，15个临床科室，3个市级重点专科，12个医技科室，26个专家专科门诊，3个社区卫生服务站。