北京协和医院中医办公室成立于1955年，1961年正式命名中医科，当时由著名中西医结合专家史济招教授担任科室负责人。曾聘请北京四大名医之一施今墨，著名中医学家任应秋、陈慎吾、钱淇光、李重仁等为顾问。1979年聘请北京四大名医施今墨的入室弟子著名中医祝谌予作为中医科主任。几十年来全科以中西医结合为学科建设和发展的主要方向，开展医教研工作，培养了大批的中西医结合的骨干人才。2001年，2010年及2012年被评为北京协和医院先进集体。2002年被批准为北京市综合性医院示范中医科。2005年被批准为\"十一·五\"期间北京中西医结合糖尿病特色诊疗中心。2007年被批准为国家中医药管理局重点糖尿病专病建设单位。2007年被评为全国综合性医院中医药示范单位。2009年获国家中医内分泌（糖尿病）药物临床试验机构资格。2011年被评为国家临床重点专科（中医内分泌）建设项目单位。2012年被评为国家中医药管理局\"十二·五\"中医药重点学科建设单位。2015年顺利通过全国综合性医院中医药工作示范单位复审。中医科历届科主任都非常重视学科建设和人才培养，学科带头人都能够站在学科的前沿。史济招教授、祝谌予教授、张育轩教授、郭赛珊教授等前任主任，他们为了中医科发展和学科建设的作出了卓越的贡献。史济招教授是中医科第一任主任（1961～1979年），是第二批全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师，获中国中西医结合三十年贡献奖，享受政府特殊津贴。祝谌予教授是中医科第二任主任（1979～1985年），是全国第一批老中医药专家学术经验继承工作指导老师和协和名医，获政府特殊津贴。他提出的糖尿病血瘀证学术思想及活血化瘀治疗糖尿病的方法独树一帜，引领中医、中西医结合糖尿病学科发展的方向。张育轩教授是中医科第三任主任（1985～1989年），获中国\"中西医结合三十年贡献奖\"，享受政府特殊津贴。曾任中国中西医结合学会消化系统疾病专业委员会副主任委员等职。钱自奋教授曾任中医科第一副主任（1989年～1991年）中国中西医结合学会北京分会活血化瘀委员会副主任委员等职。郭赛珊教授为中医科第四任主任（1991～2002年），享受政府特殊津贴，为第三批全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师和中央保健会诊专家，2017年评为\"全国名中医\"，曾获中国中西医结合三十年贡献奖、全国首届中医药传承特别贡献奖及北京协和