矮小症，也称为侏儒症，是一组因遗传或疾病因素导致的生长发育障碍性疾病。其发生原因多种多样，以下是主要的几种：

遗传因素：遗传是影响身高的主要因素之一。孩子的身高大约70%由遗传决定，父母身材如果比较矮小，孩子身材矮小的几率会相对较大。染色体异常、基因突变等遗传疾病也可能导致矮小症。

生长激素缺乏：这是导致矮小症主要的原因之一。生长激素是调节人体生长发育的重要激素，尤其在儿童和青少年期间，对骨骼的生长起着至关重要的作用。生长激素不足会导致长骨发育受阻，从而引起身高不足和矮小症。

内分泌疾病：除了生长激素缺乏外，其他内分泌疾病如先天性甲状腺功能减低症、先天性肾上腺皮质增生、皮质醇增多症等，也可能影响生长激素和甲状腺激素的分泌，导致生长发育迟缓。

先天性疾病：某些先天性遗传代谢疾病(如癫痫、肾病综合征、下丘脑错构瘤等)和骨骼发育障碍(如各种骨、软骨发育不全等)也可能导致矮小症。这些疾病可能会破坏大脑中枢神经系统的正常功能，影响身体发育，或者直接影响骨骼的生长。

慢性疾病：慢性疾病如营养不良、先天性心脏病、慢性肾功能不全或慢性肾脏及肝脏疾病等，可能导致生长发育受损，成年后身材矮小。其中，营养不良是影响儿童生长发育的关键因素，蛋白质、钙、磷、锌等营养素对身高增长至关重要。

外部环境因素：环境污染、精神压力等外部环境因素也可能影响儿童的生长发育。

此外，还有一些非疾病状态也可能导致矮小症，如孕妇在孕期有器质性疾病、营养吸收障碍、严重的营养不良或胎盘问题，可能导致孩子宫内发育迟缓，出生时体重比实际胎龄相对低，进而影响后续的生长发育。

综上所述，矮小症的发生原因多种多样，可能涉及遗传、内分泌、先天性疾病、慢性疾病以及外部环境因素等多个方面。因此，在治疗矮小症时，需要根据患者的具体情况进行详细的评估和分析，以确定治疗方案。