一般治疗，注意休息，加强支持，进食富于营养易于消化的食物，静脉补足热量、维生素等。

抗生素治疗，对细菌性肺脓肿而言经验性抗生素治疗，应能覆盖临床怀疑的所有可能的病原体，确定病原体和药物敏感性后应予以相应治疗，因为肺脓肿常是多种细菌的混合感染。一般应选择两种或两种以上的抗生素联合应用，吸入性肺脓肿多为厌氧菌感染，应联合应用抗厌氧菌的药物青霉素，林可霉素，克林霉素和甲硝唑均对厌氧菌敏感，血源性肺脓肿多为葡萄球菌和链球菌感染，可选用耐β内酰胺酶的青霉素和头孢菌素。

痰液引流，为提高的有效措施，痰液粘稠不易咳出者，可用祛痰药雾化吸入生理盐水、祛痰药或支气管扩张药以利痰液引流，状况较好者可采用体位引流排痰，引流的体位应是脓肿处于高位，两到三次，每次十到十五分钟。

手术治疗。

肺脓肿的治疗，首先是一般处理。因为肺脓肿有脓腔，里面有脓液，先要想办法将脓液引流出来。临床上有体位引流，就是尽量让脓腔处于高位，然后通过支气管把脓液引流出来，也可通过纤支镜引流，将脓腔里面的脓痰吸出。如果脓腔比较靠近胸壁，还可以通过穿刺引流。只有引流，才会有下一步的恢复。

此外，因为都是感染形成的肺脓肿，大部分是厌氧菌、细菌感染，所以通常有针对性的选用抗厌氧菌的药物来治疗。肺脓肿抗炎治疗的疗程会比较长，输液的时间可能会达到3-4周，比普通肺炎的治疗时间更长。