过去，人们认为骨母细胞瘤是一种良性肿瘤。如果病变能在治疗过程中完全刮除并植骨，病变很少复发。然而，当肿瘤切除不彻底时10％复发率。因此，一般骨母细胞瘤的切除应彻底，不应过于保守。对于侵袭性骨母细胞瘤，应进行大切除术。对于因解剖部位复杂而无法完全切除的患者，可进行放疗。
尽量彻底手术切除，不能切除的部位可以刮出植骨。脊柱病变应彻底减压，术后放疗，防止复发。术后复发率高，多次复发可恶成骨肉瘤。
1967年Mayer有一种类型的骨母细胞瘤更具侵袭性，可导致病人死亡。Mayer在复发性骨母细胞瘤中，其组织学比普通骨母细胞瘤更恶性。因此，不能说所有的骨母细胞瘤都是良性的。然而，到目前为止，对恶性或侵袭性骨母细胞瘤的确切定义尚不清楚。
一般来说，侵袭性（恶性）骨母细胞瘤的解剖部位分布与一般骨母细胞瘤相同。最常见的部位是脊柱、胫骨、股骨和颅骨，容易受到侵袭。在长管状骨中，干骺区病较多。在每个部位，放射学和肉眼病理特征与一般骨母细胞瘤相似，但也有软组织肿块。
侵袭性骨母细胞瘤的组织特征是：一般骨母细胞瘤加上一些恶性观察。它包括大量的骨母细胞聚集，比一般的骨母细胞有更常见的核分裂。肿瘤细胞是圆形的，而不是一般的骨母细胞瘤。核染色重，非典型，富含清晰的嗜酸性细胞质。
