根据急性发热，可诊断口腔丘疹水泡损伤和柯萨奇或埃可病毒的培养。它与一些口腔有水泡的病毒性疾病相鉴别。实验室检查白细胞增多，取咽疱液或大便，组织培养或接种乳鼠可获得致病病毒。同时，特殊的中和抗体、补体结合或血凝抑制试验可用于急性和恢复期血清的诊断。
可根据症状和特征性口腔损伤进行诊断。最好通过将病毒从损伤处分离到病毒或通过特征性抗体滴度的增加来证实，但不建议定期进行这些检查。鉴别诊断包括疱疹性口腔炎（可发生在任何季节，溃疡较大，持续时间较长）、复发性口腔溃疡和Bednar口疮(很少发生在咽部，但一般没有全身症状)。A组10型病毒也会引起类似病变(淋巴结性咽炎)，但口咽损伤突出，呈白色至黄色总结。对症治疗。
