有两种明显不同的肿瘤组织，一个是分化良好的软骨肿瘤，每个病例之间的组织病理可能会发生变化，但从软骨瘤到同一病例Ⅲ大多数病例表现为软骨肉瘤的组织学表现Ⅰ级或Ⅱ一级中心软骨肉瘤，另一种是高度恶性的肿瘤组织，一般为恶性纤维组织细胞瘤、骨肉瘤和纤维肉瘤。这种肿瘤组织具有高度恶性的特点，从一个肿瘤组织到另一个肿瘤组织的过程不是连续的。
反分化软骨肉瘤必须与Ⅲ中央软骨肉瘤是分开的。中央软骨肉瘤小叶周围有未分化细胞。这些细胞和软骨细胞之间有渐进的转化。反分化软骨肉瘤也应与间充质软骨肉瘤区分开来。间充质软骨肉瘤有小的未分化细胞，包括分化软骨岛。
