在光镜下，弥漫性系膜细胞增多，每个系膜区4～5、重者可超过5个；内皮细胞也可增生，通常较轻；增生细胞中可能有浸润的单核细胞；系膜基质增多；虽然有时会有节段加重，但通常是弥漫均匀的表现；肾小球毛细血管壁完好，无血管丛坏死；通常不伴有粘连和硬化变化。大约一半的患者在肾小球中可以看到嗜伊红沉积物，仅限于系膜区域。偶尔，类似嗜伊红沉积物和小动脉壁的肾小球囊基膜"透明样变"在免疫荧光检查中，系膜细胞和基质不插入外周毛细血管壁，发现相当多样化IgA为主，为IgA本节不讨论肾病。
常见表现为以IgG或IgM以颗粒状弥漫性分布为主，可伴随膜区C沉积，也可以伴随少量IgM或IgG和IgA这种不同程度的沉积IgM沉积的发病机制和临床意义尚不清楚。其他系膜增生性肾炎可无免疫球蛋白和补体沉积。是否可归类为伴有明显系膜增生的微小病变性肾病也存在争议。偶尔只有C3.无免疫球蛋白沉积。在电镜检查中，典型的电子致密沉积物是薄膜区域的细颗粒状或均匀性。有些人认为，除了大颗粒电子致密物的沉积IgA肾病和系统性疾病肾损害，此外，上皮细胞可有足突肿胀和消失，基膜也可有轻微改变。
