低丙球蛋白血症的病因还不太清楚。有人建议，有些胎儿IgG的遗传因子Gm同一异体基因抗原刺激母体免疫系统，使母体产生抗性Gm通过胎盘进入胎儿的抗体抑制Ig合成。此后，在婴儿循环中抵抗Gm由于分解代谢，抗体不断减少，自身合成Ig逐渐增加。另一种理解是，胎儿可能会从母亲那里获得大量的免疫抑制物质，但不能灭活。此外，早产儿也很容易患上这种疾病。还有报告称，该疾病偶尔有家族史，一些严重联合免疫缺陷儿童的兄弟姐妹有时患有暂时性低丙烯球蛋白血症，表明该疾病也可以显示有缺陷的基因。其他人则认为，这种疾病是生理性低丙烯球蛋白血症的延长。
