Barrett食管和胃食管反流病以及食管腺癌损伤食管粘膜的鳞状上皮在修复受损组织的过程中形成，如果受损食管粘膜的鳞状上皮被化生柱状上皮取代Barrett食道。研究表明Barrett食管不仅与GERD症状的出现与症状的持续时间有关，持续时间越长Barrett食道发病率越高。
大量研究表明Barrett食管是食管腺癌的主要因素。研究证实，Barrett食管腺癌的风险是正常人30―60发现食管腺癌Barrett食道的发生率为100％。胃灼热的频率越高，与食管腺癌的相关性就越大。胃灼热持续时间>20年与食管腺癌的发生有明显关，但与食管鳞状腺癌或食营性胃连接部腺癌无关。因此，慢性胃食管反流不仅与Barrett食管与食管腺癌有关。
