根据国内材料，各种方法治疗细菌性肝脓肿的死亡率约为：单纯抗菌药物治疗者20％左右抗菌药物合并穿刺抽脓或切开引流者15％左右。但多发性脓肿的死亡率明显高于单个脓肿。细菌性肝脓肿应视为全身性病变，重点是：
①结合对原发感染灶的分析，选合适的抗菌药物，获得细菌培养结果后进行调整。
②非常重视全身性支持疗法。
③适当配合中药治疗。
④对于已经液化成熟的脓肿，小而多发的人应该用简单的药物治疗。单个脓肿较大或较大的人可以在超声波的指导下反复穿刺和抽脓，并在脓腔内注射抗菌药物。或将皮肤穿刺放入导管进行排水。
⑤在目前抗菌药物较好、超声定位准确的情况下，手术切开引流较少使用。但对于全身毒性症状严重、脓肿大、有穿透危险的患者，或者相邻脓肿多、穿刺不能充分引流的患者，或者药物治疗无法控制其快速发展的患者，可酌情进行切开引流。
⑥相应治疗原发化脓灶。
抗菌药物可以首先针对大肠杆菌、链球菌和葡萄球菌，然后在细菌培养结果后选择合适的药物。通常可供选择的抗菌药物包括氨基糖苷、先锋霉素、林可霉素、卡那霉素、氨基苯霉素、羧基苯霉素、灭滴剂等。必要时，全身支持可以少量多次输血。中医治疗应区分综合征，重症患者应清热解毒，纠正。
在超声指导下，穿刺脓的关键在于准确定位，穿刺点应避免进入胸部，穿刺针厚度适中；有时皮肤可入硅胶管或塑料管进行持续排水。
目前，切割和排水主要是通过腹部进行的。通常取右肋缘下斜切口，在严格保护腹腔和器官的条件下切开脓腔，迅速吸收脓液，用侧孔乳胶管排水。有时，一根小塑料管可以绑在软管上，以便术后注射抗菌药物。右肝后脓性肝脏也可以通过腹膜外的方式切割和排出。通常从右侧第十二肋床切口进入。腹膜外，手指通过右肾上极腹膜后的间隙进入脓腔。目前，这种方法已经很少使用了。慢性局限性肝脓也可以通过手术切除。
