药物可用于治疗脑囊虫病。为了减少抗囊虫治疗过程中体内大量死亡引起的过敏反应，一般从小剂量开始，逐渐增加剂量。长期使用的药物有以下几种:
1、吡喹酮
是一种广谱抗蠕虫药物，对囊虫也有很好的治疗作用。常用剂量为120mg/kg，口服6天（每天三次）。药物囊虫可出现肿胀、变性和坏死，导致囊虫周围脑组织的炎症和过敏反应，部分患者也可出现不同程度的脑水肿、脑脊液压力和细胞数量增加，严重者甚至有颅内压增加的风险。
2、丙硫咪唑
也是广谱抗蠕虫药。常用剂量为每天15种。-20mg/kg，连续服用10天。常见的毒副作用包括皮肤瘙痒、荨麻疹、头晕、发烧、癫痫发作和颅内压升高。
3、甲苯咪唑
常用的剂量为100mg，3次/d，连续三天，常见的毒副作用包括腹痛、腹泻、皮肤瘙痒和头痛。
