肺结核治疗不彻底可能导致病情复发、耐药性产生以及肺部出现不可逆的损伤。治疗不彻底通常指患者未按医生要求完成全程、规律、足量的抗结核治疗，这会使体内残留的结核杆菌重新活跃，从而引发一系列严重后果。
治疗不彻底最常见的情况是导致肺结核复发。当患者症状好转后自行停药或间断服药，未被完全杀灭的结核杆菌会再次繁殖，引起咳嗽、咳痰、低热、盗汗等症状重新出现。此时再次治疗，难度会有所增加，疗程也可能需要延长。更为严重的情况是，治疗不彻底容易诱发耐药结核菌的产生。在药物浓度不足或疗程不够时，部分结核杆菌会发生基因突变，对一种或多种抗结核药物产生抵抗力。一旦形成耐药结核，尤其是耐多药结核，治疗将变得极为困难，需要使用二线抗结核药物，这些药物疗效相对较差、不良反应更多，治疗周期可能长达18至24个月甚至更久，治愈率也会显著下降。此外，反复的结核菌感染和炎症反应会对肺部组织造成持续破坏，导致肺纤维化、支气管扩张或空洞形成。这些结构性损伤是永久性的，会严重影响肺功能，患者可能出现活动后气短、呼吸困难，甚至发展为慢性呼吸衰竭，生活质量大幅降低。在极少数情况下，未经彻底控制的结核菌还可能通过血液或淋巴系统播散至全身，引发结核性脑膜炎、骨结核、肾结核等肺外结核，这些并发症的危害更为严重，治疗也更为棘手。
肺结核患者务必严格遵循早期、联合、适量、规律、全程的治疗原则，切不可因症状好转而擅自停药或减药。治疗期间应定期复查痰涂片、胸部影像学及肝肾功能，以便医生及时评估疗效并调整方案。日常生活中注意保证充足营养，摄入足量优质蛋白和维生素，避免熬夜和过度劳累，戒烟限酒，这些措施有助于增强机体免疫力，提高治疗成功率，减少复发和并发症的风险。
