早上是婴儿吃益生菌的最佳时间，建议早餐前或同餐服用。
早上，胃酸低，有利于益生菌顺利到达肠道定植，帮助恢复消化功能，建立正常的肠道菌群。虽然益生菌不是药物，但补充益生菌可以治疗儿童腹泻，包括消化不良、肠炎、痢疾等。婴儿身体正常时不能补充益生菌，长期补充可能导致肠道功能障碍。益生菌的最佳生长温度是37℃，因此，服用水温应在40℃下面，否则水温过低或过高会导致益生菌存活率低，无法达到预期效果。每个婴儿的体质都有个体差异。建议在医生的指导下补充所需的益生菌。
此外，益生菌需要冷藏。如果同时使用抗生素，一般建议服用益生菌时间间隔2小时。
