自身免疫性疾病是指身体对自身抗原产生免疫反应，对自身组织造成损害的疾病。
人体有很大的免疫反应。当一些外来细菌、病毒、寄生虫和真菌侵入人体时，会有排斥和攻击，这就是免疫现象。在某些特殊情况下，当身体感染某些疾病或身体免疫部队存在缺陷时，对身体本身进行免疫反应会导致自身免疫性疾病，其特征是血液中产生针对自身成分的抗体。Graves疾病、系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎等。
人体内分泌器官自身免疫反应也会引起自身免疫性疾病。甲状腺是最重要的内分泌器官之一。常见的自身免疫性甲状腺疾病包括Graves疾病、桥本甲状腺炎、特发性甲状腺功能减退等。
自身抗体的存在与自身免疫性疾病的概念不同。在没有自身免疫性疾病的人群中，如甲状腺上皮细胞、抗甲状腺球蛋白、细胞核DNA抗体等。抗原损伤或变化会刺激自身抗体的产生。
