舌底溃疡一般有两个原因。
一种是舌底特殊部位的创伤性溃疡。这种溃疡常发生在婴儿期，常见于舌系带过短的婴儿。这类儿童开始长牙后，由于舌系带过短，牙齿会经常咬到相应的舌底。随着时间的推移，会形成创伤性溃疡，难以愈合。针对这种情况，我们可以考虑对舌系带进行延长手术。舌系带延长后，溃疡症状明显缓解。
除了这种特殊的创伤性溃疡外，舌底溃疡也属于口腔溃疡，但它是口腔溃疡的一部分，与口腔溃疡一样，原因尚不清楚。包括免疫因素、营养缺乏因素、激素调节因素、心理因素、感染因素，甚至遗传因素，这些都是口腔溃疡的原因，当然也是舌底溃疡的原因。
