肛瘘根治术包括单纯肛瘘切除术、肛瘘切除术、肛瘘挂线术等。每种手术方法都能达到不同肛瘘的根治效果，但由于肛瘘手术后复发概率较高，目前不再称为肛瘘根治术，而是单纯成为肛瘘切除术或肛瘘切除术和肛瘘切除术加挂线术。一般情况下，低位单纯肛瘘多采用肛瘘切除术，而低位复杂性肛瘘和高位肛瘘均采用肛瘘切除加挂线术治疗。由于肛瘘易复发形成
肛周脓肿，导致肛瘘复杂化，因此一旦确诊，应及时进行手术治疗。低位单纯肛瘘可一次性切除瘘管，刀口开放，充分引流，一般一个月左右即可愈合。低位复杂肛瘘由于单纯切除不能达到根治效果，有时一次性切除会对肛门造成很大的损伤，因此一般需要挂线治疗。高位单纯肛瘘和高位复杂肛瘘一般需要挂线治疗，而高位单纯肛瘘可以
预防肛瘘引起的炎症，而高位单纯肛瘘可以用来预防肛瘘一次性食物的清洗。
