在鉴别诊断中，应注意消除精神分裂症和情感障碍。染色体异常伴有精神障碍的患者往往有一定程度的智力缺陷，往往有一定的诱因，改变环境后大多会迅速缓解。有些病例还应注意单纯性心理障碍、人格障碍和精神发育迟滞的区别。Klinefelter综合征（先天性睾丸发育不全）伴有精神障碍，由于精神症状不具体，常出现精神分裂症、情感精神疾病，部分身体症状不明显，医生缺乏了解，误诊经常发生；部分临床医生不注意详细体检（特别是外部生殖器不检查），更容易导致误诊。但只要临床医生对该疾病的外部体征保持警惕，并及时进行细胞遗传学检查，就可以发现X本病的诊断并不难，染色质呈阳性，染色体核型发生变化。
