本病患者阴道分泌物中的加特纳菌、厌氧菌，如类杆菌、链球菌等Mobiluncus细菌和人类支原体比正常增加1000～1.000倍。由于厌氧菌的过度生长，抑制了能正常产生过氧化氢的乳酸菌。杀死细菌的过氧化氢减少后，厌氧菌增加，形成恶性循环。乳酸菌减少，产生的乳酸减少，影响阴道pH降低值。厌氧菌会产生大量的胺(如尸胺、腐胺)和其他盐(如琥珀酸盐)，从而改变阴道分泌物的化学成分，产生特殊的气味和pH价值上升。目前，我们对阴道微生物变化的原因了解不多。虽然该病与多性伴有关，但仍不清楚是否由性传播引起，因此有人将该病归类为内源性疾病。
